基因工程主要应用于农业、畜牧业、食品工业、环保、医药、医药卫生等领域。 1、农牧业和食品工业：利用基因工程技术，不仅可以培育出优质、高产、抗病性好的农作物和畜禽新品种，还可以培育具有特殊特性的动植物。目的。例如：生长快、耐恶劣环境、肉质好的转基因鱼（中国）；在转基因奶牛的奶中含有人类生长激素的转基因奶牛（阿根廷）；具有黄瓜抗青枯病基因的甜椒；抗寒转基因鱼遗传番茄；具有黄瓜抗青枯病基因的马铃薯；不会引起过敏的转基因大豆；将储存蛋白基因引入超级动物的超级绵羊和超级小鼠；从具有人类基因的特种动物进口的具有特殊用途的猪、鼠；抗虫棉：苏云金芽孢杆菌能合成有毒蛋白来杀死棉铃虫，可将这部分基因导入分离的棉花细胞，然后组织培养得到抗虫棉。 2、环保：通过基因工程制造的DNA探针可以非常灵敏地检测环境中的病毒、细菌等污染。通过基因工程培养的指示生物可以非常灵敏地反映环境污染的情况，而且不易因环境污染而死亡，甚至可以吸收和转化污染物。 3、医学方面：基因作为体内的遗传单位，不仅可以决定我们的容貌、身高，其异常也必然会导致各种疾病的出现。一些有缺陷的基因可能会遗传给后代，而另一些则不会。基因治疗最初是针对单基因缺陷的遗传病提出的，目的是用一个正常的基因来替代缺陷基因或弥补缺陷基因的致病因素。 4.医药卫生：基因工程胰岛素、基因工程干扰素、其他基因工程药物（如人工血、白细胞介素、乙肝疫苗等）、基因诊断与基因治疗、SCID的基因工程治疗。